Hrvatska zaklada za znanost financira projekte isključivo u okviru raspisanih natječaja, a uvjete svih natječaja određuje Upravni odbor. Projektni prijedlozi zaprimaju se isključivo nakon objave određenog natječaja, na službenim obrascima Zaklade i na način na koji je propisan natječajem. Prilikom prijave projektnog prijedloga, predlagači biraju znanstveno područje prijave u koje njihov projektni prijedlog pripada.
Projektni prijedlozi predaju se isključivo u elektroničkoj verziji putem sustava za elektroničku prijavu projekata (EPP) Hrvatske zaklade za znanost koji osim za prijavu, služi i za vrednovanje projektnih prijedloga na natječajima Hrvatske zaklade za znanost te praćenje financiranih projekata. Za pristup EPP sustavu potrebno je imati korisnički račun, a ukoliko niste registrirani korisnik, registrirati se možete
ovdje.
Elektronička verzija projektnih prijedloga mora sadržavati sve potrebne potpise i ovjere, a tiskane primjere nije potrebno slati. Nakon isteka roka navedenog u natječaju, prijedlozi se ne mogu zaprimati, dopunjavati i mijenjati.