Učinkovito i nezavisno znanstveno vrednovanje koje omogućuje utvrđivanje znanstvene kakvoće i prioriteta projektnih prijedloga u temelju je svih aktivnosti Zaklade. Proces vrednovanja kojeg provodi Zaklada u svojoj je osnovi kompetitivan , uključuje usporedbu projekata prijavljenih na pojedini natječaj vodeći računa o uvjetima natječaja, prioritetima Zaklade i znanstvenoj kakvoći projektnih prijedloga.
Cjelokupni postupak prijave i vrednovanja projektnih prijedloga vrši se elektroničkim putem Eelektroničkog sustava za prijavu projekata (EPP sustav), a postupak vrednovanja koji provodi Hrvatska zaklada za znanost u pravilu se sastoji od sljedećih koraka:
Upravni odbor može donijeti odluku da se za neke natječaje neće provoditi opisani, dvostupanjski postupak vrednovanja. U slučaju donošenja takve odluke, Upravni odbor dužan je propisati alternativni postupak vrednovanja te ga javno objaviti prije ili na dan raspisivanja natječaja.